В период губернаторства Карафуто синтоистский храм Карафуто дзиндзя был для жителей Южного Сахалина символом колонизации новых земель. Святилище было построено 23 августа 1911 года. Общий чертеж храма подготовил архитектор Чута Ито из Токийского представительства губернаторства Карафуто.
22 августа 1925 года храм посетил будущий император Японии принц Хирохито. Принц собственноручно посадил перед храмом сосну, а сопровождавшая его свита посадила на территории храма саженцы лиственницы, ели и пихты. В 1928 году молодые деревья были распределены по всем начальным школам острова.
5 сентября 1931 года императором Хирохито были подарены храму Карафуто дзиндзя драгоценные реликвии: бронзовый колокол, золотой меч, лук и шелковое полотно. Для хранения реликвий на территории храма была построена бетонная сокровищница «Хобуцугурадэн». Своими пропорциями и конструкцией она напоминает древние синтоистские святилища, выполненные из дерева в технике «азекура дзукури».